在来線の特急の自由席に乗るときは「自由席特急券」が必要です。
自由席は通常期の特急券から500円、もしくは510円引きで年中同額です。
きっぷの券面には列車名がありませんから印象が薄いかもしれません。

有効期間2日は夜行列車などを考慮したものですが、新幹線と異なり1列車のみ有効で、2個列車の乗り継ぎは一部の例外を除きできません。
例外については「特急を乗り継いで利用」を参照。

大型時刻表のピンクのページに特急料金表がありますが、一部B特急料金区間として、通常よりやや安い区間（B特急料金）があります。東北、関西、首都圏、九州などが該当します。

指定席同様、自由席も同じく全線B特急料金区間内の場合、自由席特急券の前に「B」の文字が付加されます。

特定の区間について、通常の自由席特急料金よりも割安な特急料金で乗車できる区間があります。時刻表にも掲載されています。効力は通常の自由席特急券と同じなので、自由席特急券として発行することが多いですが、このように券面が特定特急券と表示されることもあります。

また上越新幹線越後湯沢〜ガーラ湯沢、博多南線博多〜博多南間は、新幹線車両を使いながら在来線扱いとなり、この区間を乗る場合も「特定特急券」が必要となります。

秋田〜盛岡間の「こまち」に乗車する場合、全車指定ですが、この区間に限り「特定特急券」が発売されます。空いた席に座ることができます。
ちょうど「はやて」の新幹線特定特急券から「新幹線」の文字が抜けた感じになっています。

（おおぞら様提供）

新宿〜沼津の小田急直通特急「あさぎり」は全車指定席ですが、沼津〜御殿場間に限り、自由席の取り扱いがあります。御殿場線の特急料金の30kmまでの（指定席）特急料金は特定特急料金となり820円ですが、自由席の場合はそれの510円引きとなり、310円とホームライナー並の値段になります。
券面は通常の自由席特急券と同じです。

在来線のグリーン車に乗るときは、特急券にグリーン券が上乗せされます。ただし、通常はグリーン券が単独で出ることはなく、必ず特急券と一緒に発券されます。（フリーきっぷで指ノミ券が出るときは別です。）

なお、グリーン車に乗ると特急料金が通常期の特急料金から500円、もしくは510円引きとなります。（自由席特急料金と同額。）

指定席、自由席同様、グリーン車も同じく全線B特急料金区間内の場合、特急券の前に「B」の文字が付加されます。
それ以外は通常の特急券、グリーン券と同じです。マルス発売の場合、内訳が表示されているのが特徴的です。

和倉温泉行き「サンダーバード」など、途中でグリーン車が切り離された場合などで途中で席を変わる場合は、特急券は通しで発行され、グリーン券は乗車区間のみ計算されます。

これは米原→和倉温泉の「しらさぎ」の特急券ですが、金沢まではグリーン車、金沢からは普通車指定席になります。この場合、金沢からは普通車指定席なのにもかかわらず、特急料金は全区間通しの料金から510円引き（通年同額）です。

グリーン乗車区間を記載した特急券・グリーン券が発行され、その後に乗車区間ごとの指ノミのグリーン券、指定券がそれぞれつく形になります。

原則として在来線の特急券、グリーン券は1列車1枚が原則ですが、中には乗り継いで通しの特急券を組むことが可能な箇所もあります。
詳しい区間については「特急を乗り継いで利用」を参照。

この場合、まず特急券が発券され、その後指ノミ券が乗車区間ごとに発券されますが、普通車からグリーン車に変わったとき（あるいはその逆）の場合も特急料金は通算することが可能です。

右のケースでは、「きのさき10号」のグリーン車から福知山で「タンゴエクスプローラー4号」の普通車指定席に乗り換えたものです。
この場合、特急料金は城崎→新大阪間を通算した通常期の特急料金から510円引かれ、それに実際に乗った距離分のグリーン料金（城崎→福知山間）が加算されます。
メインの券面の表示は「B特急券・グリーン券」。ただし、グリーン区間は一部区間のみなので、G車乗車区間が明示されているのが特徴です。これに実際に乗車する指ノミの指定券（グリーン）と指定券がついてきます。

前記の「しらさぎ」の乗り継ぎや、このグリーンと普通車を列車間乗り継ぎのパターンはあまり発券例がないせいか、注文しても発券にやたら時間がかかることがあるので、注文するときは時間に余裕を見たほうがいいかもしれません。

新宿と沼津を結ぶ小田急〜JR直通特急「あさぎり」は当然小田急の駅でも発売されています。
この場合は小田急のSRシステムで発売するため、仕様がJRマルスと大きく異なります。グリーン車の場合、券面にマルスには見られない四つ葉のグリーンマークが表示されるのが大きな特徴です。また「特別急行券」と正式名称で記載されています。
他社線に乗り入れる特急は「踊り子」「しまんと」など他にもありますが、他はJRのマルスシステムを使うため、大きく券面に変化はありません。

フルムーン夫婦グリーンパスなどグリーン車乗車可能のとくとくきっぷで、グリーン車に乗るとこのように指定券が発券されます。横に（グリーン）と書かれているのがグリーン車であることを主張しています。

JR九州、JR四国、JR北海道には特急券つきのとくとくきっぷ（一部以外のフリータイプは除く）にグリーン車相当の料金を支払うとグリーン車に乗れます。（JR四国は「ザ・グリーン券」、JR北海道、JR九州は「グリーン料金券」）

JR四国の特急普通車に乗車可能な往復タイプのとくとくきっぷで、グリーン席に変更することができます。この場合、「ザ・グリーン券」という企画乗車券（企の文字入り）と指ノミのグリーン券の組み合わせとなるJR四国特有の組み合わせとなります。

ザ・席（券）、ザ・グリーン券が発行できるのは、四国内の往復タイプのとくとくきっぷ（Sきっぷ等）か、それの派生版（鷲羽山ハイランド割引乗車券等）のみですが、なぜか「大歩危・祖谷フリーきっぷ」は往復+フリータイプなのに発行可能です。

数はあまり多くありませんが、在来線にもグリーン個室が存在します。個室は必ず横長の120mm券となり、自動改札は通れません。
写真はリレーつばめの4人用個室を1人で利用したときのものです。この場合のグリーン料金は2000円固定となり、これに人数分の特急料金が加算されることになります。

グリーン個室の料金計算方法は場所によって異なり、JR東日本のグリーン個室は距離にかかわらず1部屋6,000円固定で、これに人数分の運賃・特急料金がかかる方式、JR九州のグリーン個室は距離ごとに金額が変わり、これにこれに人数分の運賃・特急料金がかかります。